這是體內封印著九尾妖狐的吊車尾忍者──漩渦鳴人以成為村子第一的忍者「火影」為目標，與夥伴們一起克服各種試煉並且成長的故事。
第一部
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漫畫：第1卷第1話－第27卷第238話／動畫：第1集－第220集
12年前，忍者五大國之一的火之國的木葉忍者村遭遇了擁有強大力量的尾獸「九尾妖狐」的襲擊，當時的首領也就是第四代火影犧牲自己的生命將九尾封印到剛出生不久的嬰兒漩渦鳴人身上。歲月流逝，村子在復職的「第三代火影」猿飛蒜山的治理下恢復了和平。
波之國篇
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漫畫：第1卷第1話－第5卷第44話／動畫：第1集－第26集
希望成為忍者，學業成績卻是吊車尾的忍者學校的學生漩渦鳴人是一個每天都在惡作劇的超級問題少年。連續3次都沒有通過畢業考試，在水木企圖奪取第一代火影的封印卷軸的事件中獲得自己的老師海野伊魯卡的認同，得到作為畢業證明的護額之後成為下忍。成為下忍的鳴人與宇智波佐助、春野櫻一起被分配到上忍旗木卡卡西的第七班。在奪取卡卡西身上的鈴鐺的生存演習中知道到自己的不成熟，同時也知道了夥伴的重要性，被從未給予學生合格的卡卡西認可為正式的下忍。
之後，在波之國執行護衛達茲納的任務中與霧忍者村的逃亡忍者桃地再不斬與使用冰遁忍術的少年白戰鬥。儘管是一場苦戰，但是身為一名忍者的鳴人，依然在實戰中獲得了極大的成長。在這場戰鬥中，佐助讓宇智波一族的血繼限界「寫輪眼」開眼，而鳴人則第一次展現了封印在自己體內的九尾的強大力量的一小部份。
中忍考試篇
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漫畫：第5卷第45話－第10卷第90話／動畫：第27集－第52集
成為下忍之後完成各種任務的第七班在卡卡西的推薦下參加了中忍考試。包括木葉的同期下忍在內，各個村子前來參加考試的下忍們都聚集在木葉忍者村。
靠著毅力突破作為難關的第一場考試的筆試的鳴人等人在第二場考試要在死亡森林生存下去。但是在途中突然遭到「傳說的三忍」之一的襲擊，並且在佐助的身上刻上了神秘的咒印。主考官紅豆前來追擊大蛇丸，但是大蛇丸以壓倒性的力量逃脫了。
之後，第二場考試結束。 由於合格者的人數超乎預期，於是加碼舉行以個人戰為形式的第三場考試預選。小櫻因為打成平手而遭到淘汰，鳴人與佐助成功打倒對手而勝出，晉級到一個月後舉行作為正式選拔的第三場考試。
毀滅木葉行動篇
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漫畫：第11卷第91話－第16卷第140話／動畫：第53集－第80集
中忍考試第三場考試預選的一個月後，各國的忍者首領以及觀眾都在觀看之下，中忍考試正式選拔開始舉行。鳴人與作為強敵擁有「白眼」的柔拳使用者日向寧次陷入苦戰，但還是靠著解放九尾的力量而獲得勝利。完成與卡卡西的修行的佐助颯爽地趕到會場，與砂忍者村的我愛羅對戰。
學會卡卡西傳授的「千鳥」的佐助在與我愛羅的對戰中佔了上風。這時候突然有某人對在會場的所有人施展了幻術，大蛇丸與砂忍者村利用中忍考試進行「毀滅木葉行動」，趁機對木葉忍者村發動戰爭。第三代火影本來想封印大蛇丸卻只差了一步，耗盡全部的力氣將大蛇丸的雙手連同他所能使用的術封印後去世。木葉的忍者們也拚死地戰鬥，將敵人擊退。最後鳴人與同為祭品之力的我愛羅展開激戰，鳴人以九尾的查克拉與新學會的通靈之術將我愛羅打倒。
之後發現屍體嚴重損毀的真正的第四代風影以及隨從，讓大蛇丸利用砂忍者村來發動戰爭的事實曝光。結果這場戰爭以五影的2人死亡以及多人傷亡，雙方的村子遭到嚴重打擊而結束。
綱手搜尋篇
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漫畫：第16卷第141話－第19卷第171話／動畫：第81集－第106集
幾年前消滅宇智波一族的木葉忍者村的逃亡忍者宇智波鼬與霧忍者村的干柿鬼鮫這2人突然出現在村子。 他們是大蛇丸曾經所隸屬的「曉」的組織成員，目標是寄宿著九尾的鳴人。查覺到他們入侵的猿飛阿斯瑪、夕日紅、旗木卡卡西前來應戰，卡卡西因為被鼬以萬花筒寫輪眼發動的「月讀」導致精神受到重創而不支倒地。得知此事的佐助為了找他的哥哥鼬復仇而前去追擊。
當時「傳說的三忍」之一的自來也受到了高層人員要求繼任火影，但是在拒絕之後並推薦同為三忍也是第一代火影的孫女的綱手，讓鳴人也能修練的同時一起踏上尋找綱手的旅途。途中受到目標是鳴人的鼬與鬼鮫的襲擊，自來也反擊之後鼬與鬼鮫撤退離開，而獨自挑戰鼬的佐助則是反而被打成重傷，被趕來的阿凱帶回去木葉忍者村，鳴人與自來也繼續尋找綱手。
與自來也一同離開村子後旅行的鳴人在修行時一路接受他的指導與鼓勵。同時被第三代火影奪走雙手導致術被封印的大蛇丸因為劇痛而痛苦，為了請身為醫療忍術的專家的綱手治療自己的雙手，與部下藥師兜前去與綱手交涉。綱手面對治好手腕就會再次襲擊木葉忍者村的大蛇丸則到感到憤怒而拒絕交涉，卻因為大蛇丸提出「復活最愛的2人」的條件感到動搖。
之後，鳴人與自來也隨即找到了綱手。綱手與和她已經去世的弟弟的身影重疊的鳴人下了「如果能學會螺旋丸，就贈予第一代火影的首飾」的賭注。鳴人為了能學會螺旋丸而開始燃起鬥志。後來，綱手徹底拒絕了大蛇丸的要求而與大蛇丸以及兜展開戰鬥。自來也趕到之後加入了戰局，「傳說的三忍」召喚3隻巨大的通靈動物而展開壯烈的三足鼎立之戰， 經過一場苦戰，綱手的全力一擊擊退了大蛇丸。在這場戰鬥中，鳴人終於學會了螺旋丸並成功重創了兜，綱手也因此將第一代火影的首飾送給了鳴人並認同了他。
佐助奪還篇
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漫畫：第20卷第172話－第27卷第238話／動畫：第107集－第135集
在擊退大蛇丸之後，回到木葉忍者村之後的綱手就任第五代火影，村子開始恢復平穩的狀態。然而被大蛇丸刻上咒印的佐助開始為自己的宿命感到苦惱；同時間，佐助與大蛇丸的部下音之四人眾接觸，佐助為了得到足以打倒鼬的力量因而接受大蛇丸的勸誘而離開木葉忍者村。鳴人、鹿丸、丁次、牙、寧次這5人為了奪回佐助而與音之四人眾多由也、左近、鬼童丸、次郎坊以及前來支援的君麻呂交戰，也得到前來支援的小李與身為同盟的我愛羅等砂之忍者的援助，在全員負傷的情況下打倒所有敵人。但是鳴人卻在與佐助一戰中敗北，佐助前往大蛇丸的所在之處，奪回佐助的任務因此失敗。
之後，鳴人為了在3年後找回佐助以及面對「曉」的威脅，而在成為自來也的弟子後離開木葉忍者村而出發進行修行之旅。
卡卡西外傳～戰場上的少年時代～
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主條目：卡卡西外傳～戰場上的少年時代～
漫畫：第27卷第239話－第27卷第244話／動畫：第339集－第340集
時代為在第一部十幾年前的第三次忍界大戰。描寫少年時代的旗木卡卡西獲得寫輪眼的故事。晉升上忍的卡卡西、宇智波一族的中忍帶土、同隊的中忍以及醫療忍者的、小隊長官的波風水門（後來的第四代火影）這四個人一起執行任務。卡卡西與帶土這兩個人水火不容，總是衝突不斷。水門為此一直教育他們，小凜則是作為這兩個人的和事佬。
為了執行任務而與湊分開行動的卡卡西一行人遭到敵人的奇襲，而小凜被敵人擄走而被作為人質。優先執行任務的卡卡西與優先考慮夥伴性命的帶土，這兩人因為身為忍者的理念不同而彼此對立著。帶土為了救出小凜獨自進入敵人的據點卻遭到攻擊，被趕來的卡卡西救了下來。帶土在這場戰鬥中覺醒了寫輪眼，而卡卡西失去了左眼。儘管成功營救小凜，但是帶土為了保護了卡卡西而被崩塌的岩石壓住。意識到自己即將不久於人世的帶土將自己的寫輪眼作為晉升上忍的祝賀禮物送給了卡卡西，並將小凜託付給他。
第二部
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漫畫：第28卷第245話－第72卷第700話／動畫：第221集－第720集
在終結山谷的激戰過了二年半之後，鳴人結束與自來也的修行之旅回到了木葉忍者村，與成為醫療忍者的小櫻以及感覺和以前一樣的卡卡西組成小隊，並再次接受搶奪鈴鐺的生存演習，已經成長的鳴人與小櫻成功通過演習。而就在鳴人與夥伴們重逢之時，「曉」的魔掌開始伸向已經成為風影的我愛羅。
風影奪還篇
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漫畫：第28卷第245話－第31卷第281話／動畫：第221集－第252集
第一部結束的兩年後，曉開始行動以獲得尾獸。曉的成員地達羅打敗並擄走已成為砂忍者村風影的我愛羅。
追擊的勘九郎中了被地達羅的夥伴蠍的毒而失去知覺。隨後，收到砂忍者村的緊急求援，鳴人所在的卡卡西班前往砂忍者村。途中遇到正返回砂忍者村的手鞠。此時，阿凱班和卡卡西班被分到同一任務中。抵達砂忍者村後，卡卡西班的小櫻治好中毒的勘九郎，並與身為砂忍者村顧問的蠍的祖母千代一同前往曉的藏身處。
阿凱班帶著卡卡西的忍犬鎖定曉在川之國的藏身處。一行人打破陷阱並進入曉的藏身洞穴後，眼前卻只有已與尾獸分開而死去的我愛羅，以及曉的成員蠍和地達羅。
卡卡西和憤怒鳴人追逐地達羅以奪回我愛羅，小櫻及千代則與蠍對峙。經過砂忍者村史上最強傀儡師之二的祖孫間致命的戰鬥，小櫻及千代擊敗了蠍，並前往與鳴人等人會合。
另一邊，在卡卡西的萬花筒寫輪眼幫助下，鳴人與卡卡西成功奪回我愛羅的遺體。本就為我愛羅之死感到憤怒的鳴人，聽到千代站在砂忍者村立場發表種種不重視祭品之力的意見後，便遷怒於千代，因為這與體內封印尾獸並注定作為祭品之力活下去的自己是一樣的。千代在遇到鳴人後，重新認識自己的想法，決定以自身性命為代價施展禁術來復活我愛羅。醒來的我愛羅周圍，圍繞著前來營救村長、尊敬和崇拜他的砂忍們。
佐助再會篇
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漫畫：第32卷第282話－第34卷第310話／動畫：第253集－第273集
成功奪回我愛羅的第七班歸來。然而，卡卡西卻因萬花筒寫輪眼消耗過多查克拉而被迫住院，於是暗部的大和被任命為第七班代理隊長。另外，來自根的祭也被派來加入第七班以填補佐助的空缺。小櫻從蠍那裡得到訊息，說幾天後他將與派去大蛇丸那臥底的間諜會面，第七班便接到任務前往會面地點。然而，任務過程中鳴人和祭總是起衝突。一行人抵達目的地後，大和假扮為蠍的樣子前往會面。間諜的真實身分是大蛇丸的心腹藥師兜。然而，大蛇丸突然現身及蠍的偽裝被識破，讓大和陷入困境，鳴人為幫助大和上前挑戰大蛇丸。此時，大蛇丸說了提起佐助激怒了鳴人，讓九尾之力覺醒。與此同時，祭開始執行根交給他的任務。大和在壓制九尾之力的同時，向小櫻說明自己的身世：大和是大蛇丸融合初代火影基因的實驗體，為木葉忍者村唯一掌握木遁並能壓制九尾之力的人。
之後第七班潛入大蛇丸的藏身處。祭是團藏的部下，在團藏指使下與大蛇丸勾結，提出聯手摧毀現在由綱手統領的木葉忍者村。然而，祭的真正目的，是刺殺身為大蛇丸下一個轉生容器的佐助。然而，看著鳴人和小櫻努力守護與佐助的羈絆，讓祭想起他與曾經珍視的哥哥段之間的羈絆，決定轉而幫助鳴人奪回佐助。祭比鳴人先遇見佐助，並提起鳴人和小櫻。當鳴人一行抵達時，兩年半來鳴人第一次與佐助重逢。然而，此一時彼一時，佐助是認真想殺了鳴人等人。當鳴人、祭和大和相繼被佐助打敗，九尾慫恿鳴人使用它的力量；此時佐助出現在鳴人與九尾的精神世界中，用寫輪眼壓制住九尾，並知曉鳴人「真正的力量」。當佐助想施展絕招一舉殲滅所有人時，大蛇丸阻止了他。昔日的好友佐助再次從鳴人等人面前消失。
朋友的轉變和與意識到力量差距的鳴人，決定再次開始修煉，並請卡卡西指導。
飛段・角都篇
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漫畫：第35卷第311話－第38卷第342話／動畫：第292集－第309集
鳴人一行人回到木葉忍者村，為了能在短時間追上佐助的腳步，鳴人在卡卡西的指導下，進行風的「性質變化」的修行，最終目標是結合螺旋丸與風的性質變化，進而創造全新的忍術。就在鳴人修行的同時，「曉」的成員飛段與角都出現在雲忍者村，打倒了二尾的祭品之力・二尾柚木斗並將其捕獲。之後，為了完成組織給予的任務目標，入侵火之國並襲擊著名的忍寺・火之寺，殺死了守護忍十二士之一的地陸。在其他國家，地達羅與新的成員鳶組成小隊，成功捕獲三尾。
當「曉」正逐步實現其目的之時，得知飛段與角都入侵火之國的第五代火影下令由精銳們組成新的20個小隊前去執行逮捕任務。但是，猿飛阿斯瑪在戰鬥中被飛段的忍術打成重傷，最後不幸殉職。
為了討伐殺死老師的敵人，前第十班的成員與代替阿斯瑪的卡卡西一同前往。卡卡西、井野、丁次三人與角都陷入苦戰許久，最終透過鹿丸精密的計謀，利用了飛段的忍術反殺角都。而鹿丸儘管面對實力強大的飛段，還是賭上性命成功靠著戰術打倒了飛段。在與角都的戰鬥，暫時由大和領導的第七班也加入戰局，鳴人使出透過在修行時學到將螺旋丸與風的性質變化結合的風遁・螺旋手裏劍打倒了角都。最後，卡卡西以雷切結束了早已無法動彈的角都的性命。
自來也VS培因・佐助VS鼬篇
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漫畫：第38卷第343話－第43卷第402話／動畫：第333集－第338集；第341集－第363集
與飛段以及角都之間的戰鬥結束之時，佐助在大蛇丸的底下進行修行。不久之後，佐助確信自己的實力已經超越大蛇丸，而襲擊了他。打倒大蛇丸並且得到他的力量的佐助將被囚禁的水月放了出來，並一起邀請香燐、重吾成為他的夥伴，四人組成了名為「蛇」的小隊。
木葉忍者村與「蛇」都開始捜索宇智波鼬的下落。大和的小隊在途中與兜相遇，兜給了木葉忍者一本記載了「曉」的組織名冊之後就逃走。與水月、香燐、重吾分別行動時，佐助遭到地達羅與鳶的襲擊，最後佐助躲過地達羅的自爆攻擊而成功生存。「蛇」擺脫木葉忍者的追蹤，佐助在遇到鼬的分身之後前往他的根據地，水月、香燐、重吾則是被干柿鬼鮫留了下來等待結果。
同一時間，自來也得到「曉」的首領的情報，單獨一人入侵雨忍者村。被昔日的兩位學生，也就是「曉」的首領培因與小南發現並且戰鬥，自來也使用通靈之術召喚蝦蟆健以及兩大仙人的深作與志摩，並且進入「仙人模式」來作戰。在激戰的最後，自來也戰死，在臨死之前將關於培因本體的情報託付給深作。
鳴人在任務中一度與「蛇」接觸，並且與鼬的分身相遇。之後，木葉的小隊被鳶阻擋而停下了腳步。佐助與鼬的戰鬥開始，經過一場苦戰之後成功殺死了鼬。但是之後，佐助在鳶的述說下得知了有關宇智波一族與鼬的真相。
培因來襲篇
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漫畫：第44卷第403話－第48卷第450話／動畫：第372集－第395集
因為得知哥哥鼬的真相感到悲傷的佐助得到萬花筒寫輪眼，並與水月、香燐、重吾會合，將小隊的名字從「蛇」改為「鷹」。象徵向鼬與宇智波一族的真正敵人，也就是木葉忍者村復仇的決心。此時，木葉忍者村在深作的告知下得知自來也戰死以及最後關於培因本體的情報。鳴人從自來也死亡的悲傷之中走了出來，並跟著深作前往妙木山開始進行仙術的修行。
「鷹」在鳶的委託下前往雲忍者村，與八尾的祭品之力的殺人蜂戰鬥，在水月、香燐、重吾的幫助之下，佐助發動天照擊敗殺人蜂成功將殺人蜂捕獲，並移交給鳶。「曉」接著進行八尾的封印，卻發現佐助帶回的殺人蜂只是八尾的一隻腳變成的分身，所以這次行動以只能封印八尾一小部份的查克拉而宣告失敗。得知這件事的雲忍者村開始搜尋「鷹」的下落，第四代雷影派遣寒、輕、重帶著公文前往木葉忍者村，並且準備召開五影會談。
當鳴人在妙木山順利進行之時，為了捕獲九尾的培因與小南開始襲撃木葉忍者村。培因為了問出鳴人的下落進行無差別的大規模破壞，追殺村子裡的人民與忍者，卡卡西與靜音等實力強大且堅強的忍者遭到殺害。培因最後發動神羅天征毀滅了木葉忍者村，完成仙術修行的鳴人從蝦蟆那裡知道木葉忍者村遭到襲擊的訊息，趕著回去，並且單獨一人與培因戰鬥。
進入仙人模式的鳴人發揮強大的實力接連打倒培因的幾名個體，但是仍然被培因之中的天道抓住。雛田為了救出鳴人反而被培因打成重傷，鳴人看到雛田被打倒而陷入爆走，出現六根尾巴的鳴人與培因戰鬥，培因發動地爆天星困住已經出現八根尾巴的鳴人。在內心世界感到痛苦的鳴人即將解開九尾的封印之時，與自己的父親第四代火影重逢，並且重新弄好封印。恢復原狀的鳴人最後以螺旋丸打倒培因，與遠距離操作培因的本體長門接觸。長門向仰慕師父自來也的鳴人述說自己的過去，並質問如何將和平帶入忍者世界，鳴人不放棄自來也的思想，認為自己來自自來也撰寫的小說主角的名字就是自來也的理想。為了回應鳴人的想法，長門以性命為代價發動輪迴天生，復活木葉忍者村所有犧牲者，因而力盡而亡。帶走長門以及作為天道的彌彥遺體的小南與繼承長門遺志的鳴人和解。
五影篇
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漫畫：第48卷第451話－第52卷第490話／動畫：第417集－第441集
當一度被毀滅的木葉忍者村走向復興之時，因為培因襲擊的時候耗盡查克拉而一直昏迷的「第五代火影」綱手被解除職位，由「根」的領導人志村段藏代理火影。
雷影因為殺人蜂被擄走而感到憤怒，持續派遣雲之忍者搜尋佐助一行人。此外，也對木葉忍者村對身為逃亡忍者的佐助的處理態度消極感到不滿意，而準備一份要求追捕佐助的公文，並為此召集五影召開五影會談，討論關於「曉」的問題。鳶因為八尾的捕獲行動失敗，再次接觸佐助並告知身為他的仇人的段藏正前往參加五影會談，也開始打算發動「月之眼計畫」。
「五影會談」在中立國的鐵之國舉行，「曉」的的成員入侵會場，與五影以及鐵之國的武士戰鬥。鳶在會場上告知「月之眼計畫」的目的，之後宣布「第四次忍界大戰」將要開戰。忍者五大國組成以雷影為首的忍者聯軍，並決定保護鳴人與殺人蜂這兩位祭品之力。各國在五影會談結束之後都為了戰爭做準備。
五影會談結束之後，佐助殺死了他的仇人之一的段藏。鳴人與佐助再次相遇，已經了解他的心情的鳴人期待著日後與佐助的戰鬥。鳴人得到大蝦蟆仙人的預言，將九尾的封印式放入體內，前往雲忍者村的孤島。同時間，兜前來找鳶，為了即將到來的第四次忍界大戰而要求聯手作戰。
忍界大戰篇
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漫畫：第52卷第491話－第72卷第700話／動畫：第463集－第699集
忍界大戰篇(1)（漫畫：第52卷第491話－第57卷第536話／動畫：第463集－第495集）
在恢復的綱手的要求下，鳴人前往在一個雲忍者村附近的孤島（島龜）上。為了獲得新的力量，鳴人接受同樣身為祭品之力的殺人蜂指導下進行控制九尾查克拉的修練。那時，鳴人終於和母親九品見面，並得知16年前的真相。此外，儘管遭到了「曉」的鬼鮫襲擊，並且打倒他了，但是有關忍者聯軍的情報卻被洩露，以及大和也被擄走。同時，斑與兜接觸，並且達成協定。然後，小南在雨忍者村與斑戰鬥之後被殺死，斑得到長門的輪迴眼，並移植到了左眼。在那之後，為了戰爭的準備，兜的的「穢土轉生」復活的忍者們與10萬隻的白絕組成共同戰線。
鳴人與佐助之間宿命的戰鬥即將到來。為了進行月之眼計畫的最後階段的「曉」開始行動，忍者五大國則是為了阻止月之眼計畫。最後，將所有因緣畫上休止符的第四次忍界大戰爭開戰。鳴人一行人的最後一戰開始了。「曉」與忍者聯軍之間的決戰終於開始了。兜發動的禁術「穢土轉生」復活的歷代強大的忍者們與忍者聯軍的各部隊在各地的戰場上激烈戰鬥。另一方面，沒有被告知戰鬥發生的鳴人繼續與殺人蜂一起訓練如何控制九尾查克拉，但是查覺到外面發生的戰鬥而從島上跑了出來。
忍界大戰篇(2)（漫畫：第57卷第537話－第57卷第544話／動畫：第496集－第509集）
斑操控外道魔像前來攻擊第一部隊所在的戰區，成功奪取了封印了金角與銀角兄弟的六道的忍具之後撤退，忍者聯軍8萬兵力的死傷大約是4萬人，「曉」10萬兵力的死傷也達到5萬人，而戰爭第一天也到了晚上。鳴人與殺人蜂試圖逃離島上的過程中，九尾逼問鳴人要如何解決忍者世界的仇恨連鎖，鳴人以堅決的態度回答九尾的問題。入夜之後，忍者聯軍接連發生可以完全複製查克拉的白絕偽裝的忍者刺殺以醫療忍者為主的成員，讓聯軍開始陷入混亂，聯軍高層也在尋找對付白絕的方案。就在當鳴人與殺人蜂要離開島上時，第五代火影綱手與第四代雷影艾親自前來阻止他們，最後鳴人與殺人蜂靠著自身的信念得到第四代雷影的認同而前往戰場。同時間，聯軍高層也得出以鳴人的能力找出白絕的方案，斑也帶著他以被穢土轉生的祭品之力製作的培因六道準備參戰。
忍界大戰篇(3)（漫畫：第58卷第545話－第59卷第557話／動畫：第516集－第540集）
戰爭來到了第二天，鳴人與殺人蜂來到了戰場，並與白絕以及穢土轉生的忍者戰鬥。聯軍的第四部隊也與被穢土轉生的歷代五影戰鬥，我愛羅成功封印身為第四代風影的父親羅砂，並且和解，其他三位五影卻從封印之中逃脫。第一方面，鳴人與殺人蜂碰上了被穢土轉生的鼬與長門而與之一戰，鼬靠著好友止水在生前託付給他的瞳術「別天神」而成功解除兜的控制，並和鳴人與殺人蜂合力將長門封印成功，鼬將弟弟佐助託付給鳴人之後獨自前往兜的所在之處去阻止穢土轉生，而鳴人與殺人蜂繼續前往戰場。
第四部隊與歷代五影的戰鬥仍在持續，來到戰場的鳴人的影分身成功打敗第二代土影無，鳴人的影分身再趕去另一邊與第三代雷影艾戰鬥，另一方面，佐助殺死了白絕本體之後準備前往戰場。鳴人在一番苦戰中靠著靈機應變而打敗第三代雷影；而我愛羅與使出暴危蒸威的第二代水影鬼燈幻月的戰鬥中陷入了苦戰，最後靠著科學原理而打敗了第二代水影。
忍界大戰篇(4)（漫畫：第59卷第558話－第63卷第607話／動畫：第541集－第568集）
鳴人的影分身前往戰場各處，透過察覺混入盟軍的惡意發現並打敗白絕，並協助封印以穢土轉生復活的五大國知名忍者，忍者聯軍一下子佔了上風。然而，兜卻用穢土轉生召喚出他的王牌——宇智波斑本尊。復活的斑藉由壓倒性的忍術、體術、瞳術席捲忍者聯軍。在這場最大的危機中，聯軍將五影傳送到現場；五影委託鳴人解決面具男，斑則交給他們。之後，鳴人和殺人蜂與面具男及穢土轉生復活的祭品之力們展開戰鬥；敵方非常強大，即使卡卡西和阿凱趕在途中聯手，仍漸漸落入下風。戰鬥過程中，鳴人進入四尾孫悟空的精神世界並和它對話；對話中，鳴人得知九尾的名字叫九喇嘛，並展現要認真對待尾獸的強烈意願。受鳴人鼓舞的九尾終於和鳴人達成第一次完美結合。接著，鳴人進入尾獸更深處的內心世界，並見到其它尾獸與祭品之力；尾獸們告訴鳴人它們的名字，並將人類和尾獸的未來託付給鳴人。接收到尾獸們的意志，鳴人完全控制了九尾查克拉，成功將尾獸從外道魔像中拉了出來。
隨著戰況愈演愈烈，佐助終於移植了鼬的眼睛，開啟「永恆的萬花筒寫輪眼」。殺死看守自己的白絕本體後，佐助衝了出去，並在路上與穢土轉生的鼬重逢，接著兄弟二人聯手對上操控穢土轉生的兜。兜將大蛇丸和御手洗紅豆等不同忍者的細胞吸收進體內，獲得白蛇仙人模式的力量，既讓兄弟二人陷入苦戰，還能抵擋宇智波一族禁術「伊邪那岐」。後來鼬使出專剋「伊邪那岐」的禁術「伊邪那美」，讓兜陷入與他們無休止戰鬥的輪迴直到發自內心回心轉意，並尋找阻止穢土轉生的線索。最後，包括鼬在內的所有穢土轉生都被解除，被束縛的死者全部靈魂升天了。鼬在最後一刻用寫輪眼的幻術把事情原委與滅族真相向佐助展現，並在表達「不論你怎麼選擇，我都會永遠深愛著你」的愛意後升天了。
在穢土轉生被解除的時候，斑因知曉施術與解術的方式，在升天前強行解除與施術者的契約而留在世上，並說這是穢土轉生最大的風險。擁有不死之身、無限查克拉與特別強化過的木遁等強大力量，五影被斑打敗而陷入瀕死。另一邊，鳴人、殺人蜂、卡卡西和阿凱在幾番努力下成功摧毀面具男的面具；然而，當卡卡西看到他的真面目，他驚呆了。冒充斑的身分、身為曉幕後主使的面具男，竟是本應在第三次忍界大戰中死去的卡卡西最好的朋友帶土。當時瀕死的帶土被藏在地底深處的斑所救，經過辛苦的康復，本想返回木葉的帶土在白絕的通報下得知凜被捲入霧忍者村的陰謀，趕到現場的那一刻卻看到自己的心上人死於卡卡西的雷切。目睹這一幕的帶土對這個世界感到絕望，決定與斑合作展開「月之眼」計畫；帶土將在一切就緒時用輪迴天生將因衰老死去的斑復活，自己則繼續以斑的身分行動。卡卡西因摯友的轉變本將失去鬥志，後來決定與現在的帶土戰鬥，以保護繼承了帶土曾經意志的鳴人。
忍界大戰篇(5)（漫畫：第64卷第608話－第66卷第637話／動畫：第582集－第597集）
解決五影的斑為了找回尚未回收的八尾和九尾，來到帶土這裡並決定強行復活仍處於不完整狀態的十尾；然而，忍者聯軍各部隊也齊聚一堂，決戰就此打響。聯軍向斑等人使出強大的連續攻擊，十尾卻一發尾獸玉消滅忍者聯軍總部，再用大範圍攻擊殺死眾多忍者，其中包含捨身救下鳴人與日向雛田的日向寧次。鳴人無法承受同伴之死和帶土的話帶來雙重打擊，卻被雛田和九喇嘛罵了一頓，重新振作與聯軍同伴一起進攻。另一方面，經過與鼬的聯手，佐助想了解何謂忍者世界、忍者村和忍者。與水月和重吾重逢的佐助將大蛇丸從被兜俘虜的御手洗紅豆的咒印中復活，並說明他想了解木葉忍者村的過去。大蛇丸看到佐助的轉變如此之大後決定合作，並帶領大家前往木葉忍者村。藉由曾經的研究，大蛇丸將封印在死神腹中的初代到四代四位火影的靈魂用穢土轉生復活。初代火影千手柱間向佐助講述他與斑的相遇、木葉忍者村的誕生、斑離開村子到在終末之谷決戰的故事。聽完的佐助為保護鼬的生活方式，決定保護木葉忍者村，與大家和被木葉忍者村關押的香燐一同前往戰場。
忍界大戰篇(6)（漫畫：第67卷第638話－第69卷第662話／動畫：第598集－第613集）
戰況變得十分慘烈。時空間裡的卡卡西與帶土開啟決定性的決鬥。歷代火影與佐助接連抵達戰場，佐助還宣布他要成為火影，以自己的方式改變木葉和忍者的世界。佐助的變化讓小櫻和其他人一頭霧水，鳴人卻淡淡接受這樣的佐助；過了約三年，第七班第一次復活了。卡卡西贏了與帶土在時空間的對決，帶土說：「這場戰鬥你可以贏，但戰爭的勝利我不會拱手相讓。」就丟下卡卡西回到戰場。斑看到重傷瀕死拋棄帶土，試圖控制他施展輪迴天生完全復活自己，卻遭到帶土反抗而讓帶土成為十尾祭品之力。後來，鳴人、佐助與忍者聯軍聯合將所有尾獸拉出帶土身體，將其擊敗。
忍界大戰篇(7)（漫畫：第69卷第663話－第70卷第677話／動畫：第634集－第651集）
之後斑透過黑絕控制帶土的輪迴眼將自己徹底復活並與尾獸交戰；得到白絕找到並帶來的右眼輪回眼後，他召喚出外道魔像，利用輪迴眼的輪墓邊獄將尾獸吸入外道魔像中，鳴人因九喇嘛被抽出身體而瀕死。此外，上前攻擊斑的佐助也被他一刀捅穿心臟而不省人事；斑接著成為十尾祭品之力與卡卡西和阿凱交戰，被啟動八門遁甲第八門死門的阿凱逼到絕境卻未能殺死。鳴人從改邪歸正的帶土那獲得每種尾獸的查克拉，因此見到六道仙人並獲得六道陽遁與六道仙術，復活後救下阿凱阻止了開死門必死的結局；被脫離伊邪那美無限迴圈的兜治好的佐助，獲得左眼輪回眼和六道仙人的六道陰遁查克拉。斑拒絕和復活的兩人簡短交手後就飛離現場，奪去卡卡西的左眼進入時空間，再從帶土那奪回左眼輪迴眼；集齊雙眼後，斑啟動了無限月讀。
忍界大戰篇：最終章（漫畫：第70卷第678話－第72卷第700話／動畫：第679集－第699集）
緊接著，黑絕刺穿斑的胸膛，作為復活大筒木輝夜的催化劑。所有人陷入無限月讀的幻術，只有第七班與帶土藉助佐助的須佐能乎逃過一劫。在艱難的戰鬥與帶土的犧牲後，鳴人與佐助成功封印大筒木輝夜和黑絕。一切似乎結束時，佐助突然說要處決現任五影並殺死所有尾獸，想斬斷世間仇恨的因果由自己當共同敵人，以維持所有人繼續團結的動機。鳴人奮力阻止佐助的「忍界革命」，與他在終末山谷最終決戰。決戰結束，兩人耗盡所有力量與查克拉並各斷一條手臂，但對立的關係終於和解，聯手結印釋放無限月讀，結束曠日持久的第四次忍界大戰。一段時日後，克服戰爭與災難並取得長足進步的木葉忍者村裡，出現忍界大戰中倖存忍者的後代，其中包含慕留人，他正被身為第七代火影的父親鳴人斥責。
《火影忍者》篇章列表
篇章標題
漫畫
動畫
小說
收錄卷數
收錄話數
第一部
波之國篇
第1卷－第5卷
第1話－第44話
第1集－第26集
不適用
中忍考試篇
第5卷－第10卷
第45話－第90話
第27集－第52集
不適用
毀滅木葉行動篇
第11卷－第16卷
第91話－第140話
第53集－第80集
不適用
綱手搜尋篇
第16卷－第19卷
第141話－第171話
第81集－第106集
不適用
佐助奪還篇
第20卷－第27卷
第172話－第238話
第107集－第135集
不適用
原創篇
原創篇1
不適用
第136集－第160集
不適用
原創篇2
不適用
第161集－第186集
不適用
原創篇3
不適用
第187集－第212集
不適用
原創篇4
不適用
第213集－第220集
不適用
卡卡西外傳～戰場上的少年時代～
第27卷
第239話－第244話
第339集－第340集
不適用
第二部
風影奪還篇
第28卷－第32卷
第245話－第281話
第221集－第252集
不適用
佐助再會篇
第32卷－第35卷
第282話－第310話
第253集－第273集
不適用
守護忍十二士篇
不適用
第276集－第291集
不適用
飛段・角都篇
第35卷－第38卷
第311話－第342話
第292集－第309集
不適用
三尾篇
不適用
第310集－第332集
不適用
自來也VS培因・佐助VS鼬篇
第38卷－第43卷
第343話－第402話
第333集－第363集
不適用
六尾篇
不適用
第364集－第371集
不適用
培因來襲篇
第44卷－第48卷
第403話－第450話
第372集－第395集
不適用
原創(1) 過去篇
不適用
第396集－第416集
不適用
五影篇
第48卷－第52卷
第451話－第490話
第417集－第441集
不適用
原創(2) 航海篇
不適用
第442集－第462集
不適用
忍界大戰篇
忍界大戰篇(1)
第52卷－第57卷
第491話－第536話
第463集－第495集
不適用
忍界大戰篇(2)
第57卷
第537話－第544話
第496集－第509集
不適用
忍界大戰篇(3)
第58卷－第59卷
第545話－第557話
第516集－第540集
不適用
忍界大戰篇(4)
第59卷－第63卷
第558話－第607話
第541集－第568集
不適用
忍界大戰篇(5)
第64卷－第66卷
第608話－第637話
第582集－第597集
不適用
忍界大戰篇(6)
第67卷－第69卷
第638話－第662話
第598集－第613集
不適用
忍界大戰篇(7)
第69卷－第70卷
第663話－第677話
第634集－第651集
不適用
忍界大戰篇：最終章
第70卷－第72卷
第678話－第700話
第679集－第699集
不適用
特別篇：力量-Chikara-
不適用
第510集－第515集
不適用
卡卡西暗部篇～活在黑暗世界的忍者～
不適用
第569集－第581集
不適用
原創(3) 新中忍考試篇
不適用
第614集－第633集
不適用
自來也忍法帖～鳴人豪傑物語～
不適用
第652集－第670集
不適用
鼬真傳篇～光與闇～
不適用
第671集－第678集
《火影忍者 鼬真傳 光明篇》
《火影忍者 鼬真傳 暗夜篇》
外傳篇
不適用
第700集－第720集
《火影忍者 佐助真傳 來光篇》
《火影忍者 鹿丸秘傳 闇默浮雲》
《火影忍者 木葉秘傳 良辰吉日》